Des tensions existent toujours entre les différentes communautés ethniques, en particulier entre Chinois et Malais. En 1969, de véritables "pogroms anti-chinois", menés par les Bumiputras, avaient révélé de façon particulièrement violente, le mécontentement d'une majorité malaise pauvre. Depuis, le gouvernement s'attache à rééquilibrer les niveaux de revenus entre les différents groupes ethniques, au moyen de mesures spécifiques en faveur des Malais et au détriment des Chinois - ainsi, priorité est donnée aux capitaux Bumiputras dans les entreprises publiques. Cette politique discriminatoire a tendance à exacerber les tensions.

    Par ailleurs, la Malaisie doit faire face à une certaine montée en force d'un courant musulman extrémiste. En effet, encore marginal il y a quelques années, il gagne du terrain peu à peu. Déjà en 1978, les musulmans, battus aux élections, avaient incendié des temples hindous à Kerling. Et en 1986, des émeutes musulmanes avaient secoué le Sabah. Les luttes pour la succession de Mahathir ont fait apparaître une montée en puissance des mouvements islamistes qui s'appuient sur les disparités sociales générées par la croissance économique effrénée, poussant l'état à s'aventurer sur le terrain de l'Islam. Conscient de cette menace, Mahathir avait cherché, dès son premier mandat, à désamorcer ce danger en composant avec les organisations extrémistes. En avril 1994, l'arrestation au Caire de 19 étudiantes malaisiennes lors d'une manifestation de fondamentalistes musulmans a révélé la dynamique d'un puissant mouvement intégriste étudiant, la Jema'ah Islam Malaysia, calquée sur le mouvement des Frères musulmans d'Egypte, qui assure le contact entre les étudiants malaisiens à travers le monde. Le mouvement musulman extrémiste Al Arqam, fort de ses 100.000 adeptes, a été banni en août 1994, parce que considéré comme déviationniste. Son leader, le charismatique Ashaari Muhammad, a déclaré qu'il serait le prochain Premier ministre de la Malaisie. D'aucuns rêvent en effet d'instaurer une république islamique sur le modèle iranien. En novembre, le mouvement hors-la-loi est démantelé après que le gouvernement malaisien avait pu prouver qu'Al Arqam projetait de constituer une force militaire, appelée Armée Badr.