La Malaisie est impliquée dans le conflit des îles Spratley, dans lequel sont engagés aussi la Chine, Singapour, Brunei, les Philippines et le Viêt-nam. La Malaisie occupe trois de ces îles. C'est le conflit le plus sérieux de la région, et la Chine n'entend absolument pas revenir sur ses déclarations.

    Le Limbang, petite langue de terre du Sarawak, sépare en deux parties le Brunei depuis plus d'un siècle. Les deux pays tentent de trouver une solution pacifique à ce différend.

    La dispute territoriale qui oppose la Malaisie et les Philippines au Sabah semble en voie de résolution. Par ailleurs, des différends existent entre les deux pays à propos des Iles Spratley et des eaux territoriales. Néanmoins, en mars 1994, un pacte de défense a été signé entre les deux pays.

    Les relations entre l'Indonésie et la Malaisie, qui furent rivales dans les années 1960, se sont nettement améliorées. Même s'il existe encore une querelle territoriale autour des îles Sipadan et Litigan dans la Mer des Célèbes.

    De même, les relations entre Singapour et la Malaisie sont désormais bonnes. Les deux pays sont néanmoins en conflit à propos de l'île Batu Putih dans le détroit de Johor.

    Enfin, une zone sur la frontière malaiso-thaïlandaise est un sujet de discorde entre Bangkok et Kuala Lumpur. Si des troupes des deux nations sont installées de part et d'autre de cette zone, les deux pays ne semblent pas avoir à y gagner dans un conflit armé.